Elkarbanatuz se somete periódicamente a auditorias que permiten evaluar aspectos relativos al impacto social, la gestión contable o la integración de valores en la gestión asociativa. Estos mecanismos de evaluación facilitan el desarrollo e implantación de procesos de mejora continua, además de servir como herramientas para asegurar la seriedad y solidez del proyecto asociativo.